第一种：收到一般纳税人开具的增值税专用发票或海关专用缴款书，就是按发票上的税额抵扣；第二种：从小规模纳税人购进农产品，取得3%征收率的增值税专用发票，发票上的标明的税额虽然是3%，从2019年4月1日，按票面金额和9%的扣除率计算抵扣进项税。
是按9%抵扣，生产的话可以加扣1%。农产品加计扣除1%计算是在生产环节，会计分录：可以抵扣的进项税额=原材料成本*1%。购进农产品，除了取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书之外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价及9%额扣除率计算的进项税额。
投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。从小规模纳税人处购进取得增值税专用发票 用于初加工，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
是按9%抵扣，生产的话可以加扣1%。农产品加计扣除1%计算是在生产环节，会计分录：可以抵扣的进项税额=原材料成本*1%。 购进农产品进项税的扣除规定是： 一般纳税人开具的增值税专用发票，购进企业可以按规定进行抵扣，即可以按照票面注明的税额抵扣； 海关进口增值税专用缴款书。
针对不同的购进主体，一般纳税人购进农产品可抵扣进项税额计算如下：购入农业生产者销售的免税农产品，取得或开具收购发票，一般情况计算抵扣9%（发票买价×9%），深加工13%产品计算抵扣10%（发票买价×10%）。例1：从果农处购入其自产的水果一批（免税农产品），取得收购发票注明买价 10000 元。
农产品的增值税普通发票可以抵扣进项。购进农产品可以计算抵扣进项税额的情形为：一是取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书；二是从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票；三是取得自产农产品的免税销售发票或收购发票。
可以。根据查询中华会计网显示，一般纳税人购买农业生产者自产农产品，取得的免税的增值税普通发票，可以按照买价和扣除率计算抵扣进项税额，可以抵扣。农产品扣除率是百分之十一，购进的农产品用于生产百分之十七税率的产品，按照百分之十三扣除，餐饮业扣除率百分之六。
收购农产品取得普通发票可以抵扣。公司纳税人，在购进农产品时收到了流通环节小规模纳税人开具的增值税普通发票，抵扣进项税额。
1、针对不同的购进主体，一般纳税人购进农产品可抵扣进项税额计算如下：购入农业生产者销售的免税农产品，取得或开具收购发票，一般情况计算抵扣9%（发票买价×9%），深加工13%产品计算抵扣10%（发票买价×10%）。例1：从果农处购入其自产的水果一批（免税农产品），取得收购发票注明买价 10000 元。
2、购进免税农产品抵扣进项税的方式主要是根据税法规定，通过合法的发票和凭证，将购进免税农产品的金额从应纳税额中予以扣除。免税农产品的认定 免税农产品是指按照国家规定，在生产和销售环节免征增值税的农产品。这些农产品通常包括种植业、养殖业和林业等生产领域的部分产品。
3、从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。现阶段可以加计抵扣1%。
4、从农业生产者购进免税农产品直接出口也是免税的，没有销项税当然这不用抵扣了。
5、一般纳税人从农业生产者手中购进免税农产品可以抵扣进项税，取得农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额；纳税人购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
可抵扣的进项税是13140元。免税农产品是指由农业生产者销售的自产农业产品，这里所说的免税是指在农业生产者销售自产农业产品的时候，农业生产者免缴增值税。在这种情况下，收购者不可能取得销售方的增值税专用发票。收购者按规定计算抵扣进项税时，按农产品收购发票上注明的价款的13％计算抵扣进项税。
可抵扣进项税额=专用发票上注明金额×9% 需要注意，从小规模纳税人处取得3%征收率的增值税专用发票，才可以计算抵扣增值税，若取得的为适用3%征收率的普通发票，则不得抵扣进项税额。
国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。
其中，货款100万，增值税3万。甲公司可抵扣的进项税额为：100× 9%=9万元。 从个人手中收购的农产品。从个人手中收购农产品免征增值税，需要收购方到当地税务部门开具农产品收购发票。购买方可抵扣进项税为：农产品购买价× 9%税率。
可以自行计算进项税额抵扣的情况包括：一是购进农产品。纳税人购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，按以下公式计算抵扣进项税额：可抵扣的进项税额＝农产品买价×10％。二是取得的通行费纸质发票（不含财政票据）。核定抵扣。