环保改善：将秸秆还田代替焚烧，减少空气污染、交通干扰、土壤焦化以及火灾风险，有助于保护环境。 生态平衡：秸秆还田有助于维持农业生态系统的平衡，避免秸秆随意处置对环境造成的影响。
秸秆含有大量的化学能，是土壤微生物生命活动的能源。秸秆还田可以增强各种微生物的活性，即加强呼吸、纤维分解、氨化及硝化作用。另外，秸秆分解过程中能释放出CO2，使土壤表层CO2浓度提高，有利于加速近地面叶片的光合作用。
秸秆还田能增加土壤有机质，改良土壤结构，使土壤疏松，孔隙度增加，容量减轻，促进微生物活力和作物根系的发育。秸秆还田增肥增产作用显著，一般可增产5%～10%，但若方法不当，也会导致土壤病菌增加，作物病害加重及缺苗（僵苗）等不良现象。因此采取合理的秸秆还田措施，才能起到良好的还田效果。
改善土壤环境，改造中低产田。秸秆中含有大量的能源物质，还田后生物激增，土壤生物活性强度提高，接触酶活性可增加47%。随着微生物繁殖力的增强，生物固氮增加，碱性降低，促进了土壤的酸碱平衡，养分结构趋于合理。此外，秸秆还田可使土壤容量降低，土质疏松，通气性提高，犁耕比阻减小，土壤结构明显改善。
其次，秸秆还田促进了土壤微生物的活动。微生物在土壤生态系统中扮演着分解有机物和净化土壤的角色。秸秆还田为微生物提供了丰富的能源，促进各类微生物数量和酶活性的提升。这加快了有机物质的分解和矿物质养分的转化，改善土壤结构，提高保水、保肥、供肥能力，有利于土壤理化性质的优化。
